亞洲區的河流及沿岸水域的鯨豚正面臨多方面的威脅，如不即時進行堅決的行動，區內的鯨豚數目將會不斷減少，而某些品種甚至會於下個世紀消失。有見及此，海洋公園于一九九三年十月成立海洋公園鯨豚保護基金，以拯救亞洲區的鯨豚。而基金亦於一九九五年註冊成為慈善機構。

中央政府在一九九九年將一對珍貴的大熊貓「安安」和「佳佳」送給香港特別行政區。海洋公園作為牠們的監護人，有見拯救大熊貓的工作刻不容緩，便於同年三月成立了香港熊貓保育協會。協會工作主要由協會總監領導，並由受託委員會和科研顧問團監督。協會亦聘有一位行政統籌和高級項目主任，履行日常職務和項目。協會乃一獨立慈善機構，經費全數來自熱心機構或善長。在過去數年，海洋公園便慷慨地為協會提供行政和財政方面的支持。