保育基金自 2005 年扩展以来，已拨款资助 536 项研究，研究物种包括鲸豚丶大熊猫以及其他物种，资助总额逾港币 9,862 万。在 2020/21 年度，保育基金资助的项目主题包括海洋保育及打击濒危物种的非法贸易。2006 年成立的「鲸豚搁浅行动组」亦於 2016 年将工作范畴延伸至其他濒危的鲨鱼和鯆鱼物种。在 2017 年，保育基金资助了另一项在马来西亚沙巴婆罗洲的长期研究项目，项目主要评估栖息地被破坏和碎化对当地濒危野生动物的威胁和影响。而对大熊猫的保育工作则由地震後的基础设施重建延伸到为期三年的捐赠承诺，主要支持在四川卧龙国家级自然保护区辖下的三江保护站的科学研究丶能力建设和教育工作。

保育基金亦继续透过「野外生态保育大学生赞助计划」，启迪大学生参与野外研究工作，而「马蹄蟹保母计划」则为中学生及企业员工提供参与本地马蹄蟹保育工作的机会。

2018 年 6 月，保育基金宣布推出「无饮管运动」，以更广泛及持续的方式鼓励全港市民减用即弃塑胶饮管，以至其他一次性塑胶制品，为保育海洋生态踏出重要一步。

2010/11 年度，保育基金举行了策略性会议讨论未来 5 年的发展方向，当中确定了保育基金的新愿景及宗旨：

愿景：
我们展望各界无私合作 ，携手保护亚洲野生生态长久繁盛丰饶。

宗旨：
我们承诺透过协作筹款与科研教育，致力提倡促进及参与亚洲区内务实有效的野生生态保育工作，并重点保育中华白海豚与大熊猫以及其栖息地。

良好的企业管治：
保育基金相信，良好的企业管治将有助受讬人委员会和管理层达致符合保育基金和公众人士利益的目标，缔造更佳的企业表现和信誉,并是维持长远持续增长不可或缺的要素。虽然我们明白到企业管治或会受众多因素所影响，但保育基金相信问责制、透明度和诚信的核心原则是良好管治的支柱，因此采纳此等原则作为保育基金管治框架的核心价值。