保育基金自 2005 年擴展以來，已撥款資助 536 項研究，研究物種包括鯨豚、大熊貓以及其他物種，資助總額逾港幣 9,862 萬。在 2020/21 年度，保育基金資助的項目主題包括海洋保育及打擊瀕危物種的非法貿易。2006 年成立的「鯨豚擱淺行動組」亦於 2016 年將工作範疇延伸至其他瀕危的鯊魚和鯆魚物種。在 2017 年，保育基金資助了另一項在馬來西亞沙巴婆羅洲的長期研究項目，項目主要評估棲息地被破壞和碎化對當地瀕危野生動物的威脅和影響。而對大熊貓的保育工作則由地震後的基礎設施重建延伸到為期三年的捐贈承諾，主要支持在四川臥龍國家級自然保護區轄下的三江保護站的科學研究、能力建設和教育工作。

保育基金亦繼續透過「野外生態保育大學生贊助計劃」，啟迪大學生參與野外研究工作，而「馬蹄蟹保母計劃」則為中學生及企業員工提供參與本地馬蹄蟹保育工作的機會。

2018 年 6 月，保育基金宣布推出「無飲管運動」，以更廣泛及持續的方式鼓勵全港市民減用即棄塑膠飲管，以至其他一次性塑膠製品，為保育海洋生態踏出重要一步。

在 2010/11 年度，保育基金舉行了策略性會議討論未來 5 年的發展方向，當中確定了保育基金的新願景及宗旨：

願景：
我們展望各界無私合作 ，攜手保護亞洲野生生態長久繁盛豐饒。

宗旨：
我們承諾透過協作籌款與科研教育，致力提倡促進及參與亞洲區內務實有效的野生生態保育工作，並重點保育中華白海豚與大熊貓以及其棲息地。

良好的企業管治：
保育基金相信，良好的企業管治將有助受託人委員會和管理層達致符合保育基金和公眾人士利益的目標，締造更佳的企業表現和信譽,並是維持長遠持續增長不可或缺的要素。雖然我們明白到企業管治或會受眾多因素所影響，但保育基金相信問責制、透明度和誠信的核心原則是良好管治的支柱，因此採納此等原則作為保育基金管治框架的核心價值。